Реакция перехода электронов на цитохром B происходит следующим образом: от убихинола QH2 пара электронов переносится на ионы Fe3+ цитохрома b. 1 В результате этого образуется убихинон и ионы Fe2+ цитохрома b, а ещё в среду поступают два протона — 2Н+. 1

Реакция перехода электронов на цитохром C происходит так: цитохром-bс1-комплекс окисляет восстановленный убихинон и восстанавливает цитохром c согласно уравнению: QH2 + 2 цит. с+3 + 2Н+внут →Q + 2 цит. с+2 + 4H+out. 2 На каждые два электрона, проходящие по цепи переноса от убихинона до цитохрома с, два протона поглощается из матрикса, и ещё четыре высвобождаются в межмембранное пространство. 2