Роль мальпигиевых сосудов в выделительной системе насекомых заключается в отделении продуктов обмена из гемолимфы. 14 Это тонкие слепо замкнутые трубочки, расположенные на границе между средней и задней кишкой. 1 Омывая мальпигиевы сосуды, гемолимфа отдаёт им накопившиеся продукты обмена, которые затем выводятся в кишечник и удаляются вместе с экскрементами через анальное отверстие. 4

Мальпигиевы сосуды избавляют организм от избытка азота главным образом в форме мочевой кислоты, а также способны выделять ион аммония, мочевину и салициловую кислоту. 2

Кроме того, у ряда насекомых (прямокрылые, жужелицы, жуки-мертвоеды) в мальпигиевых сосудах может образовываться пищеварительный фермент дипептидаза. 2 Ещё одна функция — выделение гранул углекислого кальция: например, у мух он растворяется в крови при окуклении и затем отлагается в стенках пупария. 2 У личинки муравьиного льва и хризопы перед окуклением мальпигиевы сосуды секретируют шёлк, из которого личинка прядет свой кокон. 2