Роль малатдегидрогеназы в процессе глюконеогенеза заключается в превращении малата в оксалоацетат, который является ещё одним продуктом для реализации глюконеогенеза. 2

Малат, образовавшийся из оксалоацетата под действием малатдегидрогеназы, транспортируется из матрикса митохондрии в цитозоль, где под действием цитоплазматической малатдегидрогеназы происходит обратное превращение малата в оксалоацетат. 1

Кроме того, малат, являясь промежуточным метаболитом, участвует в протекании одного из путей трансформации жирных кислот в углеводы, предшествующего глюконеогенезу, — глиоксилатного цикла. 2