Эрнст Геккель внёс значительный вклад в развитие протистологии, в частности в изучение радиолярий. 1

Некоторые достижения учёного:

• Разработка систематики радиолярий. 1 Геккель дал описание строения мягкого тела и скелета радиолярий, рассмотрел их морфологию, онтогению и филогению, привёл географическое и геологическое распространение. 1
• Выявление и описание новых видов. 1 В истории протистологии нет другого специалиста, превзошедшего Геккеля в количестве вновь выявленных и описанных таксонов. 1
• Способствование развитию изучения радиолярий. 1 Монография Геккеля 1887 года и его систематика способствовали изучению ископаемых остатков радиолярий. 1

Кроме того, Геккель представил генеалогию растительного царства, начиная от самых простейших форм, протистов, до сростнолепестных, считаемых за самые развитые и совершенные формы. 4