Каковы преимущества и недостатки метода RNA-seq по сравнению с другими методами исследования транскриптома?

Некоторые преимущества метода RNA-seq по сравнению с другими методами исследования транскриптома:

• Низкий уровень фонового сигнала. niib.sfedu.ru agrobiology.ru В большинстве случаев риды картируются уникально, поэтому у метода нет количественного предела детекции. niib.sfedu.ru
• Возможность анализа экспрессии любых генов, в том числе тех, последовательность которых неизвестна до начала эксперимента. agrobiology.ru Это особенно актуально для немодельных объектов с малоизученным геномом. agrobiology.ru
• Возможность определения вариаций последовательностей в транскрибируемых регионах. niib.sfedu.ru
• Возможность изучения альтернативного сплайсинга, а также аллель-специфичной экспрессии генов. agrobiology.ru
• Более низкая стоимость, чем у методов-предшественников. niib.sfedu.ru

Некоторые недостатки метода RNA-seq:

• Сложности с профилированием некоторых типов транскриптов. niib.sfedu.ru Например, крупные РНК нужно фрагментировать, чтобы они соответствовали требованиям большинства платформ для глубокого секвенирования. niib.sfedu.ru
• Проблема оценки истинной копийности транскрипта на фоне возможных артефактов ПЦР. niib.sfedu.ru
• Сложности биоинформационного анализа, включающие проблемы эффективного хранения, выведения и обработки данных, а также элиминацию низкокачественных ридов. niib.sfedu.ru
• Основная проблема технологии — исходно неизвестно, какому транскрипту соответствует прочитанный фрагмент. ru.wikipedia.org