Некоторые отличия в метаболизме между аскомицетными и базидиомицетными дрожжами:

• Пути усвоения мочевины. 2 Аскомицетовые дрожжи сначала карбоксилируют мочевину, затем гидролизуют, базидиомицетовые — сразу гидролизуют ферментом уреазой. 2
• Рост уровня глюкозы. 4 У базидиомицетных штаммов рост уровня глюкозы более быстрый и эффективный, чем у аскомицетных. 4
• Потребность в азоте. 4 Базидиомицетные дрожжи нуждаются в дополнительных источниках азота, аскомицетные — нет. 4
• Способность усваивать ксилозу. 4 Некоторые штаммы аскомицетов и базидиомицетов не потребляли ксилозу, когда её использовали в качестве единственного источника углерода. 4

Кроме того, аскомицетные и базидиомицетные дрожжи отличаются типом убихинонов (у аскомицетных — с 5–7 изопреноидными остатками, у базидиомицетных — с 8–10, хотя есть исключения) и содержанием ГЦ-пар в ДНК (26–48% у аскомицетных, 44–70% у базидиомицетных). 1