Роль гистонов в регуляции экспрессии генов заключается в следующем:

• Влияние на характер упаковки хроматиновой фибриллы. 3 Модификации гистонов разрыхляют или, наоборот, уплотняют её, что облегчает или затрудняет доступ к ДНК многочисленным регуляторным факторам и в значительной мере определяет функциональное состояние гена. 3
• Сигнальная функция. 1 Модификации гистонов выполняют «гистоновый код», способствуя привлечению различных белков. 1
• Участие в ремоделировании хроматина. 13 Это энергозависимый процесс изменения плотности нуклеосом или их взаимного расположения по длине молекулы ДНК, приводящий к инициации транскрипции, связыванию транскрипционных факторов и формированию активного («открытый») или неактивного статуса хроматина. 3

Также существуют вариантные гистоны, закодированные особыми генами. 2 Они могут заменять «обычные» гистоны в определённых хроматиновых контекстах, влияя на регуляцию генов. 2