Филиппинское море имеет следующее значение для научных исследований:

• Объект для изучения флоры и фауны глубоководных зон. 5 Здесь проводят экспедиции, в результате которых находят новые, ранее неизвестные виды животных и растений. 5
• Район для исследований в области геологии и тектоники. 2 В зоне конвергентного взаимодействия литосферной плиты Филиппинского моря с континентальной окраиной Азии сконцентрированы тектонические и магматогенные процессы. 2 Этот район считается одним из важнейших объектов для изучения процессов конвергентного сочленения океанической и континентальной тектоносфер. 2
• Место для исследований в области биологии. 3 Например, в рамках экспедиции Тихоокеанского института биоорганической химии им. Г. Б. Елякова ДВО РАН на НИС «Академик Опарин» в апреле–июне 2021 года собрали более 400 образцов морских беспозвоночных и водорослей, провели анализ разнообразия и противомикробной и цитотоксической активностей биологически активных веществ в экстрактах морских беспозвоночных животных. 3