Структуру активного центра фермента поддерживают следующие типы взаимодействий:

• Водородные связи. 34 Возникают между двумя остатками водорода, расположенными рядом с атомами кислорода. 2
• Гидрофобные связи. 2 Возникают между неполярными углеводородными фрагментами субстрата и гидрофобными (хотя бы частично) участками активного центра фермента. 2
• Электростатические взаимодействия. 2 Возникают между заряженными группами субстрата и аминокислотными остатками активного центра фермента. 2
• Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия. 34

Также для поддержания заданной трёхмерной структуры активного центра важны различные типы взаимодействий между аминокислотными остатками белка. 4