С точки зрения ботаники существуют следующие виды мандаринов:

• Мандарин итальянский (C. deliciosa). 2 Возделывают преимущественно в Италии и Северной Африке. 4
• Шива-Микан (C. leicocarpa). 2 Гибрид мандарина и апельсина, маленький, имеет много семян и неповторимый аромат из-за большого количества эфирных масел. 1
• Танжерин (C. tangerina). 2 Отличие от обычных мандаринов — ярко-оранжевая или красная окраска плодов (у других мандаринов — жёлто-оранжевая). 5
• Уншиу, или мандарин японский (С. unshiu). 2 Вечнозелёное небольшое дерево или кустарник (высота до 3,5 м) с раскидистой кроной. 2 Плоды (масса до 80 г) оранжевые, обычно без семян, в основном плоско-округлой формы. 2

Также ряд учёных считает мандарин самостоятельным родом семейства рутовых, включающим около 13 (по другим данным, 35) видов. 2