У млекопитающих выделяют три основных типа ДНК-лигаз: 12
- ДНК-лигаза I. 12 Сшивает фрагменты Оказаки в ходе репликации отстающей цепи ДНК и участвует в эксцизионной репарации. 12
- ДНК-лигаза III. 12 В комплексе с белком XRCC1 участвует в эксцизионной репарации и в рекомбинации. 12
- ДНК-лигаза IV. 12 В комплексе с XRCC4 катализирует окончательный этап негомологичного соединения (non-homologous end joining — NHEJ) двунитевых разрывов ДНК. 12 Также требуется для V(D)J рекомбинации генов иммуноглобулинов. 12
Ранее выделяли ещё один тип лигаз — ДНК-лигазу II, но позднее её признали артефактом выделения белков, а именно продуктом протеолиза ДНК-лигазы III. 12