Некоторые методы изучения фермент-субстратного комплекса:

• Разностный Фурье-метод. 1 Позволяет установить структуру комплекса, когда связывание лиганда не сопровождается сильными изменениями в структуре или упаковке молекул фермента в кристалле. 1 Метод состоит в выявлении различий между рентгенограммами исходных кристаллов белка и этих же кристаллов, пропитанных раствором лиганда. 1
• Рентгеноструктурный анализ. 35 Даёт обширную информацию о фермент-субстратных взаимодействиях при исследовании кристаллических ферментов и их комплексов с ингибиторами и субстратами. 5 Найденные этим способом координаты атомов фермента и субстрата затем оптимизируются путём минимизации энергетических потенциалов. 5
• Получение стабильных комплексов. 1 Например, можно связать определённую часть молекулы субстрата с ферментом и установить структуру остальной части путём построения модели. 1 Также можно использовать аналог субстрата, в котором модифицирована реакционноспособная связь. 1
• Исследование в условиях, при которых ферментативная реакция не протекает. 1 Для этого используют медленно реагирующие субстраты при определённых значениях рН или при очень низких температурах, либо химически модифицированный фермент. 1