Некоторые принципиальные логические возражения против теории Дарвина, которые не преодолены и ставят её под сомнение:

• Возражение о «несократимых» органах. 2 Эволюционная теория утверждает, что жизнь развивалась постепенно, от простого к сложному. 2 Однако «несократимый» орган в действующем виде мог появиться только сразу и только в работающем виде. 2 Например, молочная железа у самок млекопитающих или жгутик для передвижения одноклеточных организмов. 2
• С-парадокс. 2 Исходя из постулатов дарвинизма, все живые организмы развивались от простого к сложному. 2 Следовательно, геном должен содержать в себе все эти эволюционные этапы и быть более простым у примитивных организмов. 2 Однако при изучении генетической структуры амебы исследователи пришли к выводу, что ДНК амебы почти в 100 раз больше, чем ДНК человека. 2 Более того, ДНК очень похожих друг на друга видов порой кардинально отличаются. 2

Однако есть и возражения, которые были преодолены, например, с созданием популяционной генетики. 4 Так, «кошмар Дженкина» — возражение против теории Дарвина о постепенном образовании новых биологических видов путём сохранения благоприятного признака естественным отбором — был преодолён открытием дискретности наследственного материала. 4