Некоторые преимущества тандемной масс-спектрометрии по сравнению с другими методами анализа биомолекул:

• Высокая чувствительность. 2 Метод позволяет идентифицировать малые количества веществ, что делает его незаменимым в современных лабораториях. 2
• Точность идентификации. 2 Повышается достоверность идентификации и пороги обнаружения, определяемые химическим шумом. 1
• Возможность работы с малым объёмом образцов. 2 Также метод позволяет разрешать сложные смеси. 2
• Мультиплексность. 3 Можно объединять в одном анализе разные классы веществ и исследовать до 1000 аналитов в одном образце. 3
• Гибкость. 3 Можно одновременно исследовать несколько препаратов и объединять метод с другими панелями исследований. 3

Некоторые недостатки тандемной масс-спектрометрии:

• Проблемы адаптации методов к различным типам образцов. 2
• Высокие затраты на оборудование. 2 Также требуется специальное обучение для интерпретации полученных данных. 2
• Невозможность анализа отдельных ячеек. 5 Это связано с неэффективным производством ионов и потерями ионов внутри приборов из-за химических источников шума растворителей. 5