Преимущества метода выделения ДНК на спин-колонках:

• высокая чистота и хорошее качество выделенной ДНК; 12
• простота и высокая воспроизводимость по сравнению с экстракцией фенол-хлороформом; 12
• возможность обрабатывать большие объёмы образцов. 4

Некоторые недостатки метода:

• большое количество манипуляций может привести к загрязнению образца (контаминации); 12
• выделение коротких фрагментов ДНК на спин-колонках может быть затруднено; 12
• высокая стоимость одного выделения, так как для каждой реакции необходима своя колонка, несколько пробирок для сбора фильтрата и элюата, реагенты. 12