Какие особенности строения молекулы субстрата делают ее подходящей для работы лигаз?

Некоторые особенности строения молекулы субстрата, которые делают её подходящей для работы лигаз:

• Комплементарность пространственной структуры. 1 Субстрат взаимодействует с центром связывания фермента благодаря взаимному дополнению их структур (подобно взаимодействию «ключ — замок»). 1 Между функциональными группами лиганда и центра связывания образуются нековалентные (водородные, ионные, гидрофобные) связи. 1
• Изменение конформации при взаимодействии с ферментом. 3 Субстрат, взаимодействуя с активным центром фермента, вызывает изменение его конформации, приводя к формированию фермент-субстратного комплекса, благоприятного для химических модификаций субстрата. 3 При этом молекула субстрата также изменяет свою конформацию, что обеспечивает более высокую эффективность ферментативной реакции. 3