Основные классы нуклеаз в биохимии:

1. Эндонуклеазы. 13 Гидролизуют связи между двумя соседними нуклеотидами, расположенными внутри цепи ДНК или РНК. 1
2. Экзонуклеазы. 13 Катализируют гидролиз связи только концевого нуклеотида (необходимо наличие свободного 5′- или 3′-конца молекулы). 1

Также в зависимости от специфичности действия выделяют рибонуклеазы (действуют на РНК) и дезоксирибонуклеазы (действуют на ДНК). 45

Ещё к основным классам нуклеаз относят рестриктазы, которые используются в прикладной молекулярной биологии. 4