Некоторые методы, которые используются для исследования метафазных хромосом:

• GTG-бэндинг. 1 Разновидность G-бэндинга, включает обработку препарата трипсином и окраску красителем Гимза. 1 Даёт уникальную комбинацию тёмных и светлых полос, позволяющую идентифицировать каждую из 23 пар анализируемых хромосом. 1
• Q-метод. 3 Предполагает использование флюорохромных красителей (акрихин, акрихин-иприт, квинакрин и другие). 3 Позволяет выявлять ярко светящиеся районы 3, 4, 13–15, 21, 22 и У-хромосом. 3
• Т-окраска. 3 Применяется для выявления теломерных районов хромосом в коротких и длинных плечах. 3
• NOR- или Ag-окраска. 3 Применяется для выявления ядрышкообразующих районов, расположенных в коротких плечах всех 5 пар акроцентрических хромосом человека (13, 14, 15, 21 и 22), с помощью окрашивания солями серебра. 3

Также для исследования метафазных хромосом используется флуоресцентная гибридизация (FISH) in situ. 1 Метод позволяет идентифицировать наличие, отсутствие или перестройку определённых сегментов ДНК с помощью ДНК-зондов, специфичных для гена или участка гена. 1