Некоторые методы анализа биологических данных, которые используются в биоинформатике:

• Выравнивание последовательностей. 1 Для этого применяются алгоритмы сопоставления последовательностей, например, алгоритм Нидлмана-Вунша или алгоритм Смита-Ватермана. 1 Также используются хранилища и индексы для эффективного хранения и поиска больших наборов последовательностей (базы данных NCBI, BLAST). 1
• Предсказание структуры белка. 1 Для этого используются алгоритмы предсказания вторичной структуры белка (например, алгоритмы GOR или PSI-PRED) и методы предсказания 3D-структуры белка (например, методы гомологического моделирования). 1
• Генная экспрессия. 1 Для этого применяются алгоритмы нормализации и дифференциального анализа данных генной экспрессии (например, алгоритм RMA или метод дифференциальной экспрессии EdgeR). 1 Также используются инструменты для визуализации и интерактивного анализа данных генной экспрессии (например, R или Python с библиотеками matplotlib или seaborn). 1
• Математическое моделирование. 4 С его помощью изучают структуру и динамику биологических систем. 4
• Машинное обучение и анализ больших данных. 4 В последние годы эти методы активно используются в биоинформатике. 4