Несколько механизмов, которые позволяют энхансерам функционировать на больших расстояниях от генов:

• Образование петли ДНК. 1 ДНК между энхансером и промотором образует петлю, в результате чего белковый фактор, связанный с энхансером, приобретает способность модулировать экспрессию соответствующего гена. 1
• Активация ДНК-топоизомеразы. 1 Энхансер может действовать на большом расстоянии, активируя ДНК-топоизомеразу, которая вносит торсионное напряжение в большую петлю ДНК. 1
• Действие как сайта посадки мобильных белков. 1 Энхансер может влиять на транскрипцию, действуя как сайт посадки мобильных белков, которые связываются с ДНК и затем движутся вдоль её молекулы, а дойдя до промотора, активируют транскрипцию. 1
• Связывание белков, которые способствуют присоединению близлежащего гена к определённой области ядра, где локализованы факторы транскрипции. 1

Также в этом процессе участвуют инсуляторы — регуляторные элементы, которые, находясь между энхансером и промотором, препятствуют их взаимодействию или, наоборот, способствуют коммуникации между регуляторными элементами на больших дистанциях. 24