Энхансеры и сайленсеры влияют на регуляцию транскрипции у эукариот противоположным образом. 2

Энхансеры активируют транскрипцию, то есть усиливают экспрессию генов. 24 Они способны функционировать, находясь в разной ориентации и на значительном расстоянии относительно промотора — до сотен тысяч пар нуклеотидов. 2 Энхансеры могут привлекать в область промоторов тканеспецифичные транскрипционные факторы и дополнительные компоненты, влияющие на конфигурацию хроматина. 2

Сайленсеры, в свою очередь, ингибируют транскрипцию, то есть замедляют её, вплоть до полного подавления. 34 Сайленсеры содержат сайты связывания транскрипционных факторов, взаимодействие с которыми оказывает негативное влияние на транскрипцию. 4 При этом сайленсеры работают с конфигурацией хроматина: образуют сложные комплексы, которые упаковывают хроматин до состояния, недоступного для транскрипции. 2

Таким образом, энхансеры активируют транскрипцию, а сайленсеры её подавляют.