Внутреннее строение кукушкина льна включает следующие особенности:

• Стебель у растения прямостоячий, это один из наиболее высокорослых мхов, достигающих в высоту 50 см и более. 5
• Отсутствие корней компенсируют нитевидные выросты — ризоиды, которые обеспечивают прикрепление растения к субстрату, всасывают воду и растворённые в ней минеральные вещества. 5
• В листьях кукушкина льна происходит фотосинтез — образуются питательные вещества. 1 Во влажную погоду листья расправляются, чтобы набрать влагу из воздуха, в сухую погоду листья сворачиваются и прижимаются к стеблю, чтобы уменьшить испарение воды. 1
• Спорофит (бесполовое поколение) располагается прямо на гаметофите, представлен коробочкой на ножке, в которой образуются споры. 5 Коробочка состоит из урночки и крышечки, сверху прикрыта колпачком. 5 Внутри урночки находится центральный стержень — колонка, к которой крепится спорангий со спорами. 5
• Из спор, попавших во влажное освещённое место, вырастает тонкая ветвящаяся нить (протонема). 4 На её концах формируются почки, дающие начало новым гаплоидным растениям. 4