Субстрат влияет на ферментативные реакции следующим образом:

1. Субстрат присоединяется к ферменту и образует фермент-субстратный комплекс, где фермент и субстрат могут быть связаны ионной, ковалентной или иной связью. 23
2. В субстрате, соединённом с ферментом, происходит ослабление химических связей между определёнными атомами. 1 Это происходит из-за того, что фермент вызывает в субстрате поляризацию, смещение электронов, деформацию связей. 1 Молекула субстрата при этом становится более реакционноспособной. 1
3. Фермент-субстратный комплекс за счёт дополнительной энергии переходит в активированное состояние. 1 Эта энергия обеспечивает разрыв определённых химических связей в субстрате и образование комплекса продуктов реакции с ферментом. 1
4. Продукты реакции отделяются от фермента, и он снова может соединиться с новыми молекулами субстрата. 1

Так как при образовании фермент-субстратного комплекса химические связи в субстрате уже были ослаблены, дополнительной энергии, необходимой для разрыва этих связей, нужно затратить меньше. 1 Поэтому энергия активации для комплекса субстрат-фермент будет меньше, чем энергия активации чистого субстрата. 1