Самооплодотворение может снижать генетическое разнообразие популяции, так как приводит к дефициту гетерозигот внутри неё. 5 Это связано с низким эффективным размером популяции, генетическим автостопом и фоновым отбором. 5

Однако есть мнение, что широкое распространение самооплодотворения (автогамии) может способствовать нахождению в популяциях большого числа генетически различных групп особей. 1

Таким образом, влияние самооплодотворения на генетическое разнообразие популяции зависит от конкретных условий и факторов.