Номенклатура и классификация ферментов в современном научном сообществе развиваются, в частности, благодаря периодическому обновлению классификации Комиссией по ферментам при Международном союзе биохимии и молекулярной биологии. 3

В основе современной классификации лежит разделение ферментов на шесть основных групп в соответствии с типами катализируемых ими реакций: 6

1. Оксидоредуктазы — ферменты, катализирующие окислительно-восстановительные реакции. 67
2. Трансферазы — ферменты, переносящие различные химические группировки. 6
3. Гидролазы — ферменты, катализирующие реакции расщепления внутримолекулярных связей, протекающие с присоединением воды в точке расщепления. 6
4. Лиазы — ферменты, удаляющие радикалы негидролитическим путём с образованием двойных связей. 6
5. Изомеразы — класс ферментов, катализирующих взаимные превращения изомеров. 6
6. Лигазы — ферменты, катализирующие присоединение друг к другу двух молекул при расщеплении пирофосфатной связи в АТФ или подобного вещества. 6

Каждому ферменту присвоен четырёхзначный классификационный номер, включающий класс, подкласс, подподкласс и порядковый номер в подподклассе. 3

Кроме того, в классификацию добавляют новые группы ферментов, например, транслоказы (EC 7) — ферменты, катализирующие перемещение ионов или молекул через мембраны или их разделение внутри мембран. 1

Также в современной энзимологии функциональная классификация становится методологическим принципом. 2 Физико-химические и кинетические характеристики ферментов оценивают с точки зрения биологической целесообразности. 2