Различия в пищеварительных системах парнокопытных и непарнокопытных животных повлияли на их эволюцию следующим образом:

• Парнокопытные имеют более сложную пищеварительную систему с четырьмя отделами желудка. 5 Вероятно, благодаря этому они лучше приспособлены для питания грубой травой. 4 Парнокопытные постепенно вытеснили непарнокопытных из мелкого и среднего размерного класса, занимая схожие экологические ниши. 2
• Непарнокопытные, в свою очередь, переваривают пищу в основном в толстой кишке, где пища обрабатывается с помощью бактерий. 15 Из-за особенностей пищеварительной системы непарнокопытные потребляют больше пищи на единицу веса, чем жвачные парнокопытные. 4

Также есть мнение, что специализация пищеварительной системы непарнокопытных привела к тому, что их спина утратила значительную часть гибкости. 2 Вероятно, это произошло из-за того, что в ходе эволюции пищеварительная система становилась тяжелее, и для её поддержки непарнокопытным приходилось усиливать мышцы поясницы. 2