Эволюция повлияла на развитие пищеварительной системы хордовых следующим образом:

• Удлинение пути, проходимого пищей. 3 При этом передняя кишка относительного укорачивается. 2
• Дифференциация кишечной трубки. 12 В результате увеличивается кишечная поверхность для всасывания продуктов пищеварения. 1
• Развитие пищеварительных желёз. 35 Возникают железы, участвующие в пищеварении. 1
• Появление и дифференцировка зубов. 5 Например, у рыб с появлением челюстей возникают многочисленные зубы и костные пластинки, а у амфибий в связи с выходом на сушу появляются слюнные железы. 3

У птиц пищеварительная система изменилась в связи с полётом: исчезли челюсти и зубы, появился роговой клюв. 3 У млекопитающих наблюдается разделение зубной системы, то есть происходит дифференцировка зубов на резцы, клыки и коренные зубы. 3 Также у них усложняются кишки: увеличивается длина толстой кишки по сравнению с другими классами, развиваются червеобразный отросток и слепая кишка. 3