Популяционные волны влияют на изменение генофонда популяций следующим образом: при снижении численности особей в популяции из её генофонда могут выпасть редкие аллели, и наоборот, при возрастании количества особей такие аллели могут распространяться. 2

Кроме того, популяционные волны обычно сопровождаются обострением борьбы за выживание и стимуляцией естественного отбора. 5 Естественный отбор приводит к отбору некоторых аллельных вариантов, соответствующих наиболее приспособленному фенотипу. 5

Также в малочисленной популяции из-за стихийных бедствий (пожара, наводнения, урагана и т. д.) может резко уменьшиться количество особей. 3 При этом могут сохраниться в живых особи, имеющие редкие гены. 3 В дальнейшем эти гены будут закрепляться за счёт увеличения частоты близкородственных скрещиваний и генофонд популяции изменится. 3