Искусственное воспроизводство муксуна в регионах его обитания осуществляется с помощью комбинированного метода: 2

1. Начальные стадии жизненного цикла молоди происходят на рыбоводном заводе. 2 Икру получают от собственного маточного стада, в котором около 10 тысяч особей разных возрастов. 1 От оплодотворения до выпуска мальков в реки проходит примерно девять месяцев. 1
2. По достижении массы 0,4 г молодь транспортируется на организованные садковые линии, расположенные в естественных водотоках, для дальнейшего подращивания. 2
3. В начале лета молодь массой 0,4 г пересаживают в садки, которые размещены в естественном водном объекте, являющемся местом обитания муксуна. 2 Наряду с искусственными кормами молодь потребляет естественные корма (организмы зоопланктона и зообентоса). 2
4. В естественную среду муксун попадает, когда достигнет веса хотя бы 1,5 грамма. 1 Взросление займёт ещё 6–8 лет. 1

Выпущенная в протоки молодь будет мигрировать вместе с «дикими» в низовья реки Оби и далее в Обскую губу. 2