Лизосомы участвуют в аутофагии следующим образом: в ходе аутофагии дефектные белки и органеллы окружаются двойной мембраной, и возникшая таким образом аутофагосома в дальнейшем сливается с лизосомой. 1

Содержимое аутофаголизосомы переваривается за счёт лизосомальных ферментов, а образующиеся в результате аминокислоты используются в качестве строительных материалов для поддержания жизнедеятельности клетки. 1

Различают три типа аутофагии, в которых лизосомы участвуют по-разному: 3

1. Микроаутофагия. 3 При ней макромолекулы и обломки клеточных мембран просто захватываются лизосомой. 3
2. Макроаутофагия. 3 При ней участок цитоплазмы (часто содержащий какие-либо органеллы) окружается мембранным компартментом, похожим на цистерну эндоплазматической сети. 3 В результате этот участок отделяется от остальной цитоплазмы двумя мембранами. 3 Аутофагосомы соединяются с лизосомами, образуя аутофаголизосомы, в которых органеллы и остальное содержимое аутофагосом перевариваются. 3
3. Шапероновая аутофагия. 3 При этом способе происходит направленный транспорт частично денатурировавших белков из цитоплазмы сквозь мембрану лизосомы в её полость, где они перевариваются. 3