Хроматин регулирует активность генов в клетке следующим образом:

• Пространственная организация хроматина влияет на то, как ДНК компактно укладывается в ядре, от этого зависит наличие доступа к генетической информации. 1
• Архитектура хроматина организует контакты энхансеров и промотеров и таким образом регулирует уровни экспрессии генов. 2
• Модификации гистонов (ацетилирование, фосфорилирование, метилирование) влияют на характер упаковки хроматиновой фибриллы, разрыхляя или, наоборот, уплотняя её, что облегчает или затрудняет доступ к ДНК регуляторным факторам и определяет функциональное состояние гена. 5
• Образование петель хроматина регулирует работу генома посредством создания специализированных доменов и обеспечивает работу регуляторных механизмов. 1