Фосфодиэфирные связи влияют на структуру и функции ДНК следующим образом:

В структуре фосфодиэфирные мостики возникают за счёт прочных ковалентных связей, что сообщает всем полинуклеотидным цепям прочность и стабильность. 1 Это важно, поскольку уменьшается риск повреждения (поломки) молекул ДНК. 1

В функциях фосфодиэфирные связи участвуют в процессе репарации — исправления ошибок синтеза и повреждений ДНК. 5 Эндонуклеаза гидролизует фосфодиэфирную связь в участке повреждения цепи, что позволяет устранить нарушения. 5

Кроме того, полярность цепи, которую создают фосфодиэфирные связи, играет важную роль при синтезе ДНК: удлинение цепи возможно только путём присоединения новых нуклеотидов к свободному 3'-концу. 4