Изучение филогенеза служит основой для построения естественной системы организмов. 2

Некоторые способы, как филогенез помогает в этом процессе:

• Установление происхождения и родственных связей. 2 Исследователь филогенеза должен проследить эволюционный путь группы, определить её предка и указать ближайших родственников среди современных видов. 3
• Более глубокое изучение таксономических групп. 2 Для реконструкции филогенеза учёные используют данные разных биологических наук, например молекулярной биологии, биохимии, генетики, биогеографии, экологии. 2
• Важность для исторической геологии и стратиграфии. 2

Таким образом, исследование филогенеза необходимо для развития общей теории эволюции. 3