В естественных науках графы применяются для моделирования молекулярных структур, химических реакций и физических процессов. 3 Например, молекулы можно представить как графы, где атомы являются вершинами, а химические связи — рёбрами. 3 Это позволяет учёным изучать свойства молекул и разрабатывать новые материалы. 3

В биологии и медицине графы используются для моделирования биологических сетей, изучения взаимодействия генов и белков, анализа данных о заболеваниях. 3 Они позволяют учёным понимать сложные биологические процессы и разрабатывать новые методы диагностики и лечения. 3

В астрономии графы применяются, например, для выделения отдельных созвездий из общего «звёздного хаоса». 5 Чтобы это сделать, первые астрономы условно соединили наиболее яркие звёзды линиями (построили графы). 5