Совокупность обитающих где-либо бактерий называют микрофлорой, а не микрофауной, исторически так сложилось. 12

Когда были открыты бактерии, их отнесли к растениям ввиду явного их отличия от двух других царств. 5 Тогда и возникло понятие «микрофлора». 5

Во второй половине ХХ века бактерии выделили в самостоятельные царства, но термин «микрофлора» остался в ходу. 5

В современных научных статьях чаще используется термин «микробиота», потому что прокариоты — это не флора и не фауна. 2

Таким образом, использование термина «микрофлора» — это дань традиции, сохранившаяся с тех времён, когда бактерии относились к царству растений. 15