Таксоны в эволюционной систематике и кладистические таксоны отличаются подходом к классификации организмов. 14

Эволюционная систематика допускает как монофилетические таксоны (в которые входят все потомки общего предка), так и парафилитические (таксоны, которые включают часть потомков общего предка). 14 Например, парафилетический таксон отражает степень эволюционной дивергенции и удобен для рассмотрения в качестве предков более продвинутых таксонов. 3

Кладистика признаёт только монофилетические таксоны. 14 В расчёт принимается только такое сходство (синапоморфное), которое указывает на монофилию таксона в кладистической трактовке. 4 Формальным представлением кладистически интерпретированного филогенеза служит стилизованное филогенетическое дерево — кладограмма, на которой имеет значение только последовательность узлов ветвления. 4

Также кладисты отказались от рангов традиционной систематики (класс, отряд и т. д.) и просто называют группы организмов кладами. 1