Возможно, имелись в виду различия между ФГАОУ ВО (федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования) и федеральными университетами.

ФГАОУ ВО отличается от обычных федеральных университетов тем, что имеет статус автономного учреждения. 34 Это означает, что деятельность вуза координирует специальный наблюдательный совет, в который входят представители общественности, образовательного учреждения и местного самоуправления. 3 При этом делегаты органов власти и местного самоуправления составляют не более трети состава совета. 3

Некоторые другие особенности ФГАОУ ВО:

• Право самостоятельно формировать штатное расписание. 4 Финансирование автономного учреждения происходит не по бюджетной смете, а путём выделения субсидии на выполнение государственного задания. 4
• Возможность размещать средства, полученные от деятельности, на счетах в любых банках и инвестировать их. 3
• Право получать кредиты на ведение основной деятельности. 3
• Возможность финансировать всё, что не связано с выполнением государственного заказа, за счёт своей прибыли. 3

Федеральные университеты, в свою очередь, имеют особый статус и задачу быть научно-методическими центрами развития регионального высшего образования. 1 Такие вузы строят свою образовательную и научную деятельность в тесной связке с потребностями конкретного региона. 1