Базидиомицетные дрожжи отличаются от аскомицетных по ряду признаков: 1

• Синтез каротиноидов. 1 Он встречается только у базидиомицетных дрожжей. 1
• Тип убихинонов. 1 У аскомицетных дрожжей он с 5–7 изопреноидными остатками, а у базидиомицетных — с 8–10 (хотя есть исключения). 1
• Тип почкования. 12 У базидиомицетных дрожжей почкование энтеробластическое: клеточная стенка материнской клетки разрывается, из разрыва выходит почка и синтезирует свою клеточную стенку с нуля. 28
• Содержание Г Ц пар в ДНК. 1 У аскомицетных дрожжей оно составляет 26–48%, а у базидиомицетных — 44–70%. 1
• Наличие фермента уреазы. 1 Она характерна за несколькими исключениями только базидиомицетным дрожжам. 1

Кроме того, базидиомицетные и аскомицетные дрожжи различаются по своему образу жизни и физиологическим свойствам, что предполагает различные экологические стратегии. 7 Например, аскомицеты проводят весь свой жизненный цикл внутри системы насекомое-цветок, тогда как базидиомицеты могут обладать более широким разнообразием альтернативных субстратов или даже переходить от сапробного образа жизни к паразитическому или фунгикозному. 7