Методология IDEF5 отличается от других стандартов моделирования данных тем, что она предназначена для онтологического исследования сложных систем. 12

С её помощью онтология системы описывается с помощью определённого словаря терминов и правил, на основе которых могут быть сформированы достоверные утверждения о состоянии рассматриваемой системы в некоторый момент времени. 2 На основе этих утверждений формируются выводы о дальнейшем развитии системы и производится её оптимизация. 2

В то время как другие стандарты моделирования, например IDEF0 или IDEF1, используются для создания функциональных моделей и моделирования информационных потоков внутри систем, IDEF5 предоставляет структурированную графоаналитическую методологию для разработки, поддержания и изучения онтологии системы. 4

Таким образом, основное отличие заключается в том, что IDEF5 фокусируется на исследовании и документировании строения и свойств любой системы через словарь терминов, точные и однозначные определения всех терминов этого словаря и классификацию логических взаимосвязей между ними. 4