Отличие использования файлов формата XLS и CSV в KNIME заключается в том, что для работы с каждым из них используется отдельная нода: 13

• XLS-файлы читает нода Excel Reader (XLS). 1 В настройках нужно указать адрес входного файла, выбрать вкладку для чтения и галочку с заголовком колонок. 1 Чтобы избежать ошибок, лучше не читать таблицы с многоуровневыми заголовками и объединением ячеек. 1
• CSV-файлы читает нода CSV Reader. 12 По умолчанию разделителем колонок в CSV-файле является запятая, но в KNIME её нужно поменять на точку с запятой. 12 Разделитель строк —  . 12 Если в таблице, сохранённой в CSV, есть заголовки колонок, то нужно оставить галочку «Has column header». 12

Таким образом, для работы с XLS-файлами используется один набор настроек, а для CSV-файлов — другой.