Основное отличие экотопа от биотопа в том, что биотоп — это условия среды, видоизменённые живыми организмами, а экотоп — первичный комплекс факторов физико-географической среды без участия живых существ. 5

Экотоп — это определённая территория или акватория со всем набором и особенностями почв, грунтов, микроклимата и других факторов в неизменённом организмами виде. 3 Примерами экотопа могут служить наносные грунты, новообразовавшиеся вулканические или коралловые острова, вырытые человеком карьеры и другие заново образовавшиеся территории. 3

Биотоп — это участок территории, однородный по условиям жизни для определённых видов растений или животных, или же для формирования определённого биоценоза. 3 Например, участок, занятый лесом, представляет собой биотоп, ведь грунт, в котором находятся корневые системы растений и обитают низшие животные, является результатом деятельности живых организмов. 5