Некоторые отличия организационной диагностики от традиционного научного исследования:

• Фокус. 1 В отличие от научных исследований, организационная диагностика ориентирована не на выявление общих закономерностей и типизацию проблем, а на обнаружение конкретных проблем в конкретной организации и поиск их решений. 12
• Цели. 4 Организационная диагностика преследует практические, а не научные, цели. 4 Она не нацелена на получение нового знания, а фиксирует по определённым параметрам текущее состояние и оценивает его в сравнении с имеющимися представлениями об «идеальном» состоянии или с точки зрения соответствия текущей ситуации и условиям внешней среды. 4
• Доверие к данным. 13 В отличие от традиционного научного исследования, организационная диагностика больше доверяет качественным, а не только количественным данным. 13 В основе диагноза лежат интуиция и знания консультанта. 3
• Нацеленность на действие. 3 В отличие от научных исследований, в диагностике присутствует конструктивное начало: помимо выявления, оценки, классификации и группировки проблем, одновременно определяются и основные направления развития организации. 3

Несмотря на эти различия, научные исследования и организационная диагностика тесно связаны между собой и имеют много общего. 3