Некоторые отличия между различными версиями игры Sonic 3:

• Прототип 0408. 1 Ранняя сборка, разработка которой велась параллельно с подготовкой к изданию Sonic & Knuckles. 1 В этой версии все уровни игры доступны для Наклза, для него сделан отдельный слот сохранения. 1 Гипер-формы недоступны, часть зон из Sonic & Knuckles недоступна через Level Select. 1
• Прототип 0517. 1 Вторая и последняя известная сборка, выпущенная на поздней стадии разработки Limited Edition. 1 В этой версии мониторы можно уничтожать с любой стороны, даже снизу. 1 Исправлена значительная часть старых багов, супер- и гипер-формы частично работают, но несколько отличаются от финальных версий. 1 Многие треки проигрываются в темпе, отличном от оригинального. 1
• Версия для Xbox 360. 2 В этой версии улучшена графика, добавлена таблица онлайн-лидеров и присутствует поддержка мультиплеера через Xbox Live. 2
• Версия для Windows и сборника Sega Mega Drive and Genesis Classics. 2 Эти версии продавались вместе с Sonic & Knuckles как Sonic 3 & Knuckles. 2 В этой версии были исправлены некоторые баги, но появились новые, например, были изменены некоторые треки, такие как мелодия мини-босса и мелодия титульного экрана. 4