Разница между комплексной и тематической налоговой проверкой заключается в объёме проверяемых вопросов. 2

Комплексная проверка — это проверка финансово-хозяйственной деятельности организации за определённый период времени по всем вопросам соблюдения налогового законодательства. 2 Это более обширный вид проверки, который позволяет оценить ситуацию в целом и выявлять нарушения в разных областях деятельности. 4

Тематическая проверка — это проверка отдельных вопросов финансово-хозяйственной деятельности организации (например, правильности исчисления и уплаты налога на прибыль, НДС, налога на имущество, других налогов). 2 Такие проверки проводятся по мере необходимости, определяемой руководителем налогового органа. 2

Таким образом, комплексная проверка проводится по всем налогам и сборам, а тематическая — только по одному, например НДС. 5