Некоторые банки взимают комиссию за переводы в Яндекс Пэй, потому что это может быть предусмотрено условиями конкретного банка-отправителя. 12
Сам Яндекс не берёт комиссию за пополнение карты, но она может быть у банка, из которого делается перевод. 1