WebMoney-кошелёк работает следующим образом: для каждой валюты создаётся отдельный кошелёк, которому присваивается индивидуальный номер. 2 Если пользователь ожидает платёж от другого пользователя, нужно сообщить ему номер нужного кошелька. 2

Для управления кошельками создатели сервиса рекомендуют установить специальную программу — WebMoney Keeper. 3 Разработаны версии для популярных социальных сетей, операционных систем и мобильных устройств. 3 Пользоваться системой можно и без установки программ — достаточно зайти на сайт платёжного портала и ввести свои данные (WMID и пароль). 3

Для совершения любых действий пользователь идентифицируется. 3 Это проводится при помощи файлов с ключами, личных электронных сертификатов, ввода логина и пароля (с дополнительной проверкой кодом, высылаемом в SMS). 3

При каждом переводе берётся комиссия. 3 Минимальный размер комиссии — 0,8%, но установлены и лимиты: минимальная комиссия 0,01 WM, максимальная — сумма от 50 до 100.000 WM (в зависимости от выбранной валюты). 3 Перевод между кошельками одного типа, зарегистрированных на одного WMID или одного аттестата (с уровнем не ниже начального), выполняется без комиссии. 3