Счётная палата и контрольно-счётные органы выполняют разные функции и имеют различные задачи.

Счётная палата — высший орган государственного финансового контроля, образуемый Федеральным собранием РФ и подотчётный ему. 23 Она контролирует законность, рациональность и эффективность использования средств федерального бюджета. 1

Контрольно-счётные органы субъектов России контролируют использование средств региональных бюджетов, отслеживают полноту поступления средств в региональные бюджеты из различных источников. 1 На муниципальном уровне функции финансового контроля реализуют контрольно-счётные органы, формируемые властями муниципальных образований. 1 Они контролируют исполнение бюджетов муниципальных образований. 1

Таким образом, основное отличие в том, что Счётная палата занимается контролем на федеральном уровне, а контрольно-счётные органы субъектов России и муниципальных образований — на региональном и муниципальном уровнях.