Региональные отличия между греческой и турецкой версиями мусаки заключаются в особенностях приготовления:

• Греческая мусака состоит из запечённых слоёв: нижнего слоя баклажанов с оливковым маслом, среднего слоя из баранины с помидорами и верхнего слоя из соуса бешамель. 2 Иногда в мусаку добавляют кабачки, картофель или грибы. 2
• Турецкая мусака не многослойна. 2 Тонко нарезанные баклажаны обжаривают и подают в томатном мясном соусе, приправленном зелёным перцем, чесноком и луком. 2 Баклажаны могут заменять на кабачки или цуккини, морковь, картофель. 3

Кроме того, в турецкой мусаке блюдо имеет жидкую консистенцию на основе оливкового масла и томатного соуса, в то время как в греческой — это плотная запеканка со слоями баклажанов и мясного фарша, политых соусом бешамель. 1