Разница между греческой и балканской версиями мусаки заключается в основных ингредиентах и процессе приготовления:

• Греческая мусака представляет собой плотную запеканку со слоями баклажанов и мясного фарша, политых соусом бешамель. 1 Иногда баклажаны сочетают с цукини и другими сезонными овощами. 2
• Балканская мусака — это картофельная запеканка с мясом, молочными продуктами и яйцами. 1 Вместо баклажанов используется картофель, а в качестве заливки — смесь натурального йогурта с яйцами. 2 Все ингредиенты готовят по отдельности, а затем выкладывают слоями: сначала — мясо, потом — картофель, а сверху — заливка. 2 Мусаку посыпают сухарями или тёртым сыром и запекают. 2