Отличие классической пасты качо-э-пепе от современной версии рецепта заключается в некоторых особенностях приготовления:

• В классической версии сыр смешивается просто с водой, в которой варилась паста. 3
• В современной версии оливковое масло часто заменяют на сливочное, в нём обжаривают на сковороде молотый перец, добавляют пасту, посыпают тёртым пармезаном, перемешивают и подают. 2
• Изначально в пасту добавляли исключительно овечий сыр пекорино романо, но сейчас всё чаще используют пармезан или грана падано. 2

Также учёные из Института физики сложных систем имени Макса Планка (Германия) с коллегами из других стран провели исследование и создали «научно оптимизированный рецепт» пасты качо-э-пепе, в котором для улучшения консистенции используют кукурузный крахмал. 7